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Répteis classicamente incluem todos os amniotas exceto aves e mamíferos. Assim, répteis são definidos como um conjunto de animais que incluem crocodilos, jacarés, tuataras, lagartos, cobras, e tartarugas, agrupados juntos na classe Reptilia. Esta é ainda a definição clássica do grupo.
No entanto, nos anos recentes muitos taxonomistas têm começado a insistir que a classificação deveria ser monofilético, ou seja, os grupos deveriam incluir todos os descendentes de uma forma particular. A definição tradicional dos répteis dada acima é parafilética, pois exclui tanto aves quanto mamíferos, apesar de eles também terem se desenvolvido a partir do réptil original. Colin Tudge diz:
"Os mamíferos são uma clade, e conseqüentemente os cladistas são felizes em reconhecer a táxon tradicional dos mamíferos. As Aves são também uma clade. Na realidade, Mamíferos e Aves são subclades dentro da clade principal dos Amniotas. Contudo, a classe tradicional Reptilia não é uma clade, mas apenas uma seção da clade Amniotas, que restou após a remoção dos grupos Mamíferos e Aves. Não pode ser definida por sinapomorfias, como seria apropriado, em vez disso, é definida pela combinação das caracteríscas que possuem e as que faltam: répteis são os amniotas a que faltam pelos ou penas, ou seja, no máximo poderíamos dizer que os repteis, na definição tradicional são amniotas 'não-aves' e 'não-mamíferos'."
Existem milhares de fósseis de espécies que mostram uma clara transição entre os ancestrais dos répteis e os répteis modernos.
O primeiro verdadeiro réptil é categorizado como Anapsídeo, tendo um crânio sólido com buracos apenas para boca, nariz, olhos, ouvidos e medula espinhal. Algumas pessoas acreditam que as tartarugas são os Anapsídeos sobreviventes, já que eles compartilham essa estrutura de crânio, mas essa informação tem sido contestada ultimamente, com alguns argumentando que tartarugas criaram esse mecanismo de maneira a melhorar sua armadura. Os dois lados tem fortes evidências, e o conflito ainda está por ser resolvido.
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